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探針?lè )晒舛縋CR試劑盒通用原則:
1,先選擇好探針,然后設計引物使其盡可能的靠近于探針。
2, 擴增子的長(cháng)度應不超過(guò)400bp,理想的能在100-150bp內,擴增片斷約短,有效的擴增反應就越容易獲得。較短的擴增片斷也容易保證分析的一致性
3, 保持GC含量在20%和80%之間,GC富含區容易產(chǎn)生非特異反應,從而會(huì )導致擴增效率的降低,及在SG分析中非特異信號。
4, 為了保證效率和重復性,應避免重復的核苷酸序列,尤其是G(不能有4個(gè)連續的G)
5, 將引物和探針互相進(jìn)行配對檢測,以避免二聚體和發(fā)卡結構的形成。
探針?lè )晒舛縋CR試劑盒探針設計指導
1,在設計引物之前設計探針
2,探針的Tm值應在68-70℃之間,如果是目測探針,則要仔細審查GC富含區。
3,探針的5’端要避免有鳥(niǎo)氨酸,5’G會(huì )有淬滅作用,即使被切割下來(lái)這種淬滅作用也還會(huì )存在
4,選擇C多于G的鏈作探針,G的含量多于C會(huì )降低反應效率,這時(shí)就應選擇配對的另一條鏈作為探針。
6, 探針應盡可能的短,不要超過(guò)30個(gè)bp。
7, 檢測探針的DNA折疊和二級結構。